palmerpenguins

パッケージの概要

palmerpenguins パッケージは、南極大陸のパルマ―群島に生息する三種類のペンギン（Gentoo：ジェンツーペンギン、Adelie：アデリーペンギン、Chinstrap：ヒゲペンギン）の体長や体重などに関する penguins データセットなどを収録したパッケージです。特に、penguins データセットは、探索的データ分析や可視化の練習で定番となっている iris データセットに代わる選択肢となることを目指して作成されています。

penguins データセット

変数名	データ型	概要
species	factor	ペンギンの種類
island	factor	生息している島の名前
bill_length_mm	double	くちばしの長さ [mm]
bill_depth_mm	double	くちばしの太さ [mm]
flipper_length_mm	integer	フリッパー（翼）の長さ [mm]
body_mass_g	integer	体重 [g]
sex	factor	性別
year	integer	測定年

library(palmerpenguins)

Attaching package: 'palmerpenguins'

The following objects are masked from 'package:datasets':

    penguins, penguins_raw

library(ggplot2)

DT::datatable(penguins)

ggplot2 パッケージによる可視化の例

# カラーパレットの定義
colors <- c("darkorange","darkred","darkcyan")

# 可視化の例
ggplot(na.omit(penguins),
       aes(x = flipper_length_mm, y = body_mass_g)) +
  geom_point(aes(color = species, shape = species),
             size = 2.5, alpha = 0.7) +
  scale_color_manual(values = colors) +
  geom_smooth(method = "lm") +
  labs(x = "フリッパー（翼）の長さ [mm]",
       y = "体重 [g]",
       color = "種類",
       shape = "種類")

`geom_smooth()` using formula = 'y ~ x'

• 種類と生息地の関係

ggplot(penguins, aes(x = island, fill = species)) +
  geom_bar(alpha = 0.8) + # 棒グラフを指定
  scale_fill_manual(values = colors, guide = "none") + # 塗り分け方を指定
  facet_wrap(~species, ncol = 1) + # 種類ごとにグラフを分ける
  coord_flip() + # x軸とy軸を入れ替えて水平にする
  labs(y="データに含まれる個体数")

アデリーペンギンはすべての島で見つかっていますが、ヒゲペンギンは Dream 島、ジェンツーペンギンは Biscoe 島だけで生活しているようです。

• くちばしの長さと太さの関係

ggplot(na.omit(penguins),
       aes(x = bill_length_mm, y = bill_depth_mm)) +
  geom_point(aes(shape = species),
             color = "grey", size = 2.5, alpha = 0.7) +
  geom_smooth(method = "lm") +
  scale_color_manual(values = colors) +
  labs(x = "くちばちの長さ [mm]", y = "くちばしの太さ [mm]")

`geom_smooth()` using formula = 'y ~ x'

ペンギンたちのくちばしの長さと太さについて散布図を描いてみると、「くちばしは長いほど細い」という相関関係があることがわかります。

ggplot(na.omit(penguins),
       aes(x = bill_length_mm, y = bill_depth_mm)) +
  geom_point(aes(color = species, shape = species),
             size = 2.5, alpha = 0.7) +
  geom_smooth(method = "lm",
              aes(color = species, group = species)) +
  scale_color_manual(values = colors) +
  labs(x = "くちばちの長さ [mm]", y = "くちばしの太さ [mm]",
       color = "種類", shape = "種類")

`geom_smooth()` using formula = 'y ~ x'

しかし、散布図をペンギンの種類ごとに色分けして観察すると、それぞれの種類の中では「くちばしは長いほど太い」という相関関係があることがわかります。

palmerpenguins の公式ページには、これらのほかにggplot2 パッケージを用いた可視化の例が豊富に示されています。